企业在建立了电算化会计系统后，会计管理环境和会计核算方式发生了很大的变化。由于计算机的使用，加快了会计数据处理的速度，扩大了会计数据领域，提高了会计信息的准确性和可靠性。但同时也让企业内部控制制度部分失效，为企业的内部控制带来许多新问题，因此加强电算化会计系统的内部控制就显得尤为重要。
　　1、电算化会计系统对内部控制的特殊性：
　　1.1 计算机在会计工作上的运用改变了企业会计核算环境。企业使用计算机处理会计和财势数据后，企业的会计核算的环境发生了很大的变化。从表面上来看，会计电算化只不过是将电子计算机应用于会计核算工作中，减轻会计人员的劳动强度，提高会计核算的速度和精度，以计算机替代人工记帐。而实际上，会计电算化决不仅仅是核算工具和核算方法的改进，而是必然会引起会计工作组织和人员分工的改变，促进会计人员素质和知识结构，会计工作效率和质量的全面提高，节省会计人员的时间和精力，转变会计工作职能，推动会计理论和会计技术的进步，提高整个会计工作水平，大幅度增加企业的经济效益，使会计理论和实务的方方面面都将发生前所未有的深刻变化。因此内部控制制度的范围和控制程序较之手工会计系统更加广泛，更加复杂。
　　1.2 电算化系统提高了对会计上岗人员的要求。会计电算化俨然在很大程度上减轻了会计人员的工作量，但同时也增加了操作人员、系统维护人员等岗位，带来了许多新的要求，提出了新的问题。在岗的会计人员虽经过计算机等级培训，但与实际要求水平还有较大差距。会计人员知识不全面，要使得计算机知识和会计工作经验有机结合，还有待时日。同时，计算机培训教材老化，跟不上计算机技术发展的形势，经过这样的培训和考核的人员，实际操作能力难以适应电算化环境下对内控的要求。
　　目前，我国建立在手工操作条件下的会计基础工作的管理还存在着很多不足；实施会计电算化，就需要建立与之相配套的一系列内部控制制度加以约束，才能充分发挥电算化的优势。
　　1.3 计算机的使用加大了控制人为作弊、计算机犯罪的难度。在手工方式下，主要通过职权分割和岗位责任制的落实来进行财务分工和授权，并且通过采用复核、平行登记、对账、结账、试算平衡等技术方法来防范人为作弊以及账务错误，一旦出现问题可以通过相互核对查处问题的责任者，从而起到了控制作用。
　　目前，由于法规的不健全使电算化犯罪的控制很困难。储存在计算机磁性媒介上的数据容易被篡改，有时甚至能不留痕迹地篡改，数据库技术的提高使数据高度集中，未经授权的人员有可能通过计算机和网络浏览全部数据文件，复制、伪造、销毁企业重要的数据；因为会计电算化犯罪毕竟是高科技、新技术下的一种新型犯罪，为此制定专门的法规对此加以有效控制就很有必要。
　　针对目前电算化会计系统的现状，强化内控管理，制订有效的电算化环境下的内部控制制度，提高电算化的科学管理水平，是建立现代企业内部控制制度的内在要求，也是提高企业管理水平的重要途径。
　　2、电算化会计系统内部控制制度的改革：
　　会计电算化，给会计工作增添了新内容，从各方面要求会计人员提高自身素质，更新知识结构，一方面为了参与企业管理，要更多地学习经营管理知识，另一方面还必须掌握电子计算机的有关知识，好的会计基础工作和规范的业务处理程序，是实现会计电算化的前提条件。过去手工处理的大量数据，现在集中由计算机进行处理，会计人员往往只负责原始数据的生成、审核与编码、以及对输出信息的分析处理。电算化后，手工条件下对账簿记录错误的划线更正法已不再适用，取而代之的是修改标志、凭证冲销等方法。这样手工内部控制制度的一部分将保留与修改；另一部分则转化为计算机程序控制。
　　例如，账，钱、物实现三分管的原则不变，处理每一项经济业务时必须要有明确的职责分工的原则不变，而账簿平行登记的原则就要有所改变。会计电算化系统的内部控制既包括了原来的手工财务过程，又包括程序设计、电算化账务处理过程。严格的内部控制制度是会计电算化信息真实可靠的保证。内部控制制度要求处理同一笔经济业务的人员既要相互联系、又要相互制约。
　　在电算化会计信息系统中，应根据计算机硬、软件的特点、建立新的控制制度，防止数据或者程序被篡改、系统被非法使用以及火灾、偷窃等事故的发生。电算化会计信息系统的控制方式是手工控制与计算机控制相结合，以计算机控制为主，控制的要求更为严格，控制的内容也更为广泛。
　　3、加强电算化会计系统内部控制制度管理及改革的方法：
　　3.1 制订企业内部操作管理制度。操作管理制度是针对每一个上机操作会计软件的人员而制订的，主要用来规范每一个操作人员的行为以及各自之间的权限限制。除了软件对操作方面作了一定的设计以外，制订并严格操作管理制度，将会有效地保证会计软件的安全运行；同时，也有利于内部牵制制度的执行。操作管理制度从内容上来看，一般包括以下几项：
　　3.1.1 操作人员的工作职责和工作权限。尽管软件一般都已有用户管理功能，但其用户管里的设置是由人工进行的，这就需要从制度上对操作人员的工作职责和工作权限加以规定，用来在用户管理的设置和具体的操作中执行。
　　3.1.2 预防原始凭证和记账凭证等会计数据未经审核而输入计算机的措施。如规定原始凭证必须经有关审核人员审核并签章后才能输入计算等。
　　3.1.3 预防已输入计算机的原始凭证和记账凭证等未经核对而登记机内帐簿的措施。如规定已输入计算机的凭证需由审核人员核对并签章后方可登记机内账簿等。
　　3.1.4 建立必要的上机操作记录制度。如规定用操作日记的形式记录每天的上机操作内容等。
　　3.2 建立计算机硬件和软件管理制度。对于拥有计算机的单位，无论是用于会计核算，还是用来其他工作，一般都要求制定硬、软件管理制度。通常，硬件和软件管理制度包括以下一些内容：
　　3.2.1 保证机房设备安全的措施。如机房防火规定等。
　　3.2.2 保证计算机正常运行措施。如机房防潮、防磁及恒温等方面的规定等。
　　3.2.3 会计数据和会计软件安全保密的措施。如数据备份等规定。
　　3.2.4 修改会计核算软件的审批和监督制度。如规定会计核算软件的修改需报经单位总会计师批准等。
　　3.3 提高会计人员计算机业务及职业道德素质。各基层单位应积极支持及组织会计人员学习和提高会计电算化知识，维护软件正常运行，掌握计算机先进技术，培养复合型人才，为本单位尽快建立高效的会计信息系统创造条件。同时要加强并制定实事求是的会计电算化人员培训计划，注重实效，其会计人员必须取得会计电算化合格证，财政部门在进行账务审批的同时审查其会计人员的资格，这样可以做到学以致用，学习的目的性强。
　　3.4 加强防止电算化犯罪的法制建设。会计电算化犯罪是高科技、新技术下的一种新型犯罪，为此制定专门的法规对此加以有效控制就很有必要。为企业营造良好的大环境，防止电算化犯罪的法制建设，可从两个方面入手：
　　3.4.1 建立惩治利用会计电算化犯罪活动的法律，明确规定哪些行为属于舞弊行为及惩处方法；3.4.2 建立会计电算化系统的保护法律，明确电算化系统中哪些东西或哪些方面受法律保护（硬件、软件、数据库）及受何种保护。
　　3.5 加强制订会计档案管理制度。在实行会计电算化之后，随着存储介质的改变，对会计档案管理的要求也比较严格；同时，对会计档案的概念也就有所发展。在会计电算化情况下，除了打印输出的账、证、表以外，整个系统开发形成的全套文档资料都属于会计档案的范畴。另外，对存有会计数据的有关介质也应妥善保管。
　　内部控制关系到企业财产物资的安全完整、关系到会计系统对企业经济活动反映的正确性和可靠性。企业为实现既定的管理目标，必需建立起一整套内部控制制度并加强管理，以保证企业有序、健康地发展。